Ainsi, en octobre 1939, dans l'encyclique "Summi Pontificatus" Pie XII appelle à la solidarité avec la Pologne qui vient d'être envahie par l'Allemagne.
A Noël 1939, il déclare à la radio : "Nous avons dû, hélas, assister à une série d'actes inconciliables aussi bien avec le droit international qu'avec les principes du droit naturel et même les sentiments les plus élémentaires d'humanité. Ces actes commis au mépris de la dignité, de la liberté, de la vie humaine crient vengeance devant Dieu".
La réaction des Nazis est alors si violente que les évêques d'Allemagne supplient le pape de baisser le ton.
A Noël 1941, il condamne "l'oppression, ouverte ou dissimulée, des particularités culturelles et linguistiques des minorités nationales".
Un an plus tard, il évoque ceux qui "parfois seulement en raison de leur nationalité ou de leur lignage, sont destinées à la mort ou à un dépérissement progressif ". Le New York Times, sur une page reproduite dans l'exposition de Berlin, qualifiera alors le pape de "seul dirigeant en Europe à élever la voix".
En juillet 1942, Pie XII obtient du régent hongrois Miklos Horthy qu'il mette un terme à la déportation des minorités raciales et religieuses.
Malgré ces interventions, on a souvent reproché au pape de n'avoir jamais nommé Hitler, ni les nazis, de n'avoir jamais prononcé d'excommunication ni de condamnation solennelle de la Shoah. Il a en revanche clairement condamné le communisme.
"Un discours plus direct du pape aurait-il aidé à sauver les juifs?" s'interroge l'historien Karl-Joseph Hummel. Il rappelle que l'intervention des évêques hollandais contre les persécutions religieuses en 1942 avait entraîné une rafle dans les monastères et couvents où se cachaient des juifs".