En effet, l'environnement est une fois de plus au coeur des préoccupations de Miyazaki, qui via cette fable à l'apparence anodine nous dit en gros que la prochaine catastrophe écologique n'est vraiment pas très loin, car quand on a le recul nécessaire pour "lire entre les lignes", on comprend que la relation entre Sosuke et son "poisson" Ponyo est une sorte de métaphore qui dans le fond fait froid dans le dos. Ici, la planète, c'est Ponyo. Aime la, protège la, et tout se passera bien. Sinon...
Le petit Sôsuke, cinq ans, habite une maison construite au sommet d'une falaise qui surplombe la mer. Un matin, alors qu'il joue sur la plage en contrebas, il découvre une petite fille poisson rouge piégée dans un pot en verre, qu'il baptise Ponyo. Sôsuke la sauve et décide de la garder avec lui dans un seau. Ponyo est aussi fascinée par Sôsuke que ce dernier l'est par elle. Le petit garçon lui promet de la protéger et de s'occuper d'elle, mais le père de Ponyo, Fujimoto - un sorcier autrefois humain qui vit au fond de la mer - la force à revenir avec lui dans les profondeurs. Bien décidée à devenir humaine, Ponyo s'échappe pour retrouver Sôsuke.