La Commission pontificale Ecclesia Dei continuera à être une entité distincte au sein du dicastère de l'Eglise pour les questions doctrinales. Il est probable que le responsable exécutif d'Ecclesia Dei soit un membre de la Congrégation pour la doctrine de la foi.
La publication de ce Motu Proprio interviendrait ainsi avant les ordinations au sein de la Fraternité Saint-Pie X, ordinations qui provoquent quelques remous dans certains diocèses, notamment en Allemagne, où des évêques insistent sur le vide juridique concernant la situation canonique de la Fraternité. Mgr Fellay préfère régler ces questions doctrinales avant d'accepter le statut canonique dans l'Eglise, mais il insiste néanmoins sur son ouverture à un compromis provisoire :
"Si Rome nous donne des garanties suffisantes de survie, en quelque sorte, je pense que nous prendrons certainement en considération la question".