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Il naquit en 1292. Son père était le gouverneur de la ville sous le premier prince moscovite Daniel Alexandrovitch (1261-1303), le fondateur du monastère Saint-Daniel qu'on est en train de rénover. Lorsqu'on baptisa le futur saint, on lui donna le nom d'Eleuphère, et son parrain fut le futur prince Ivan Danilovitch Kalita (? - 134O).
Sa haute prédestination fut révélée à Eleuphère quand il était encore adolescent. En 1320, il entra au monastère de l'Epiphanie de Moscou, où il passa plus de vingt ans en menant une vie d'ascète. La sagesse et la vie vertueuse d'Alexis incitèrent le Métropolite d'alors de toute la Russie, Théognoste, de le prendre à son service et de lui confier la direction des affaires judiciaires de l'Eglise. Et en 1353, encore de son vivant (un cas extraordinaire!), Théognoste le fit son successeur. «Ta vie brille de rayons multicolores, père Alexis!», s'exclame l'auteur de l'acathiste. Parmi ces rayons, il y eut et le salut miraculeux du navire qui allait faire naufrage lors d'une tempête pendant le retour de Constantinople, où saint Alexis était allé chercher la charte du Patriarche Philophée, et la fondation du monastère Saint-Andronic à Moscou et l'amitié touchante avec saint Serge de Radonège. Le prestige spirituel de saint Alexis était si grand que même le khan tatare Djanibek eut recours à lui pour guérir sa femme aveugle Taïdoula: Dieu exauça les prières du saint et rendit la vue à Taïdoula. Le saint quitta la Horde avec de riches cadeaux et la promesse de garantir la sécurité à l'Eglise et à la Patrie. En mémoire du miracle fait par le Seigneur à la suite de ses prières, saint Alexis fonda, en 1365, au Kremlin, le monastère Tchoudov (du mot russe «tchoudo», «miracle»), devenu si célèbre, où, pendant des centaines d'années, était concentrée la vie religieuse de la capitale. Les mérites civiques du saint furent considérables.
Il fut le premier Métropolite de toute la Russie à avoir eu la sagesse de transférer sa résidence dans la ville de Moscou, autour de laquelle commençait à s'unir la Russie alors morcelée. Lorsque le prince Dimitri Ivanovitch Romanow (1363-1389), surnommé plus tard "Donskoï", était en bas âge, le Métropolite Alexis exerça en fait le pouvoir aussi bien spirituel que temporel. Et c'est lui qui inculqua au jeune prince la vaillance et la force morale qui lui permirent de porter aux Tatars un coup décisif à Koulikovo en 1380. Saint Alexis fut inhumé au monastère Tchoudov (+1378), mais, dès 1431, ses reliques furent exhumées sans corruption et, à partir de cette époque-là, on institua sa vénération en tant que saint..
Les reliques de St.Alexis ont été transférées à la cathédrale de l'Epiphanie le 16 octobre 1948, quand l'Eglise célébrait le huitième centenaire de la Moscou. Ce n'est pas dû au hasard, puisque toute sa vie remarquable fut liée à Moscou. Plus de cinq siècles se sont écoulés depuis que saint Alexis a quitté son ministère visible, mais, par son intercession et son aide, il n'a pas abandonné ses ouailles de Moscou et de toute la Russie.