Au XVième siècle, à Paris, le collège de Montaigu (dans le quartier latin.) ne fonctionne pas très bien. De 1483 à 1504, on fait appel à un frère de la vie commune : Jean Standonk. Lorsqu'il réorganise le collège de Montaigu, il sait cela et prévoit d'enseigner pauvrement des clercs pauvres pour les former à la prédication et à la charge d'âmes. Il crée une nouvelle organisation des études en groupant les étudiants par classes de niveau et en introduisant entre la première année (grammaire) et la dernière (logique) un cycle d'humanités fondé sur les idées nouvelles : acquérir le beau latin.
Érasme qui y a passé l'année 1495, a gardé un souvenir horrifié de ce "collège vinaigre". Dans les "Colloques", il relate cet échange : « Tu viens de Montaigu, la tête couverte de lauriers ? - Non, de poux... » … « régimes rigoureux…travaux tellement pénibles que de bons élèves devinrent fou ou lépreux…cruauté avec laquelle on fouette les plus jeunes même innocents… »
Rabelais qui y fut aussi, parle du "collège de pouillerie" et traite son recteur, Pierre Tempête ("horride tempestas"), de grand fouetteur d'enfants.
Calvin élève du collège de Montaigu à Paris
L'austère collège de Montaigu, est le brillant bastion de la scolastique médiévale : les étudiants y sont soumis à un régime très sévère, travaillant de l'aube à la nuit tombée, acceptant les jeûnes répétés, nuisant ainsi souvent à leur santé, comme ce fut le cas pour Calvin (1528 ). Sur les bancs du collège de Montaigu, il rencontra vraisemblablement Ignace de Loyola, lequel fréquenta le collège à la même époque.
Ignace de Loyola va faire l'expérience tour à tour du modèle le plus implacable au collège de Montaigu et, au collège Sainte-Barbe, d'adaptations relativement modernistes ou humanisantes, qui inspireront sa méthode. Tout semble s'être ligué, l'histoire, la topographie, les personnages, pour dresser face à face Montaigu et Sainte-Barbe, les deux collèges les plus antithétiques, les plus antinomiques. Philosophie, théologie, discipline, principes d'éducation et d'hygiène, tout oppose l'un à l'autre, comme la scolastique à l'humanisme, et, avec d'autant plus de virulence qu'ils sont voisins, imbriqués l'un dans l'autre, enjambant ici et là la misérable rue aux Chiens.
Ignace de Loyola ne connut pas Jan Standonk, mort en odeur de quasi sainteté qui avait entrepris de régénérer la jeunesse par la mortification... Il ne connut que Noël Beda procureur, grand fournisseur de bûchers …
Noël BEDA, dirigea le Collège de Montaigu, et fut recteur de la faculté de Théologie de la Sorbonne.
Marguerite de Navarre couvre de son ombre majestueuse la vie intellectuelle de l'époque, les grands hommes de toute l'Europe ne cessent de lui exprimer leur admiration et de lui rendre hommage, Rabelais lui dédie son oeuvre, elle est l'amie d'Erasme, de Calvin, du pape Paul III et d'autres encore, quant au poète Clément Marot, il est son valet.
« On aurait peine à croire, en le voyant juché sur sa mule, se déplaçant dans les rues étroites et puantes du quartier Latin, que l' homme règne sur l'Europe de la pensée et de l'écrit, et que par ses jugements vengeurs il pourchasse de ses foudres tout ce qui peut s'écarter de la stricte Doctrine de l'Eglise. Il combat même le grand Erasme, au point de vouloir "corriger ses mœurs corrompus" et le qualifie "d'ignorance crasse " »
C'est lui qui s'oppose de façon systématique à François 1er, qui s'oppose à la reconnaissance par le Parlement de Paris du remariage d'Henry VIII, qui fait interdire " le Miroir de l'âme pécheresse", le livre de Marguerite de Navarre, la sœur du Roi. C'est lui encore qui fait jeter sur le bûcher Antoine AUGEREAU, l'imprimeur de Marguerite… et bien d'autres faits ...