Les critiques augmentent au cours du siècle, et deviennent plus importantes à la fin du XIIIe ; celles-ci accompagnant la déroute de l’aventure. La noyade de Frédéric Barberousse en 1190, la mort de Saint-Louis devant Tunis en 1270, amènent ces auteurs à réfléchir à la légitimité d’un tel phénomène. Si la croisade est juste, pourquoi Dieu permet-il de si grandes déroutes ? Le rejet de la croisade est porté aussi par les nouveaux ordres monastiques, comme les franciscains et les dominicains, qui privilégient le prêche à la guerre, le glaive de la parole à celui du fourreau.
Les croisades, se muent en conflit idéologique, en plus de délivrer les Lieux Saints, il s'agit de convertir les peuples sarrasins et juifs par la force. Les croisés revivent l'Exode et la conquête de la terre promise...
Ce motif, nous le retrouvons dans les injonctions de Dieu faites aux élus de l'Estoire del Saint-Graal d'évangéliser la Grande Bretagne... C'est aux ordres mendiants que l'on doit la substitution de l'idée de mission à celle de croisade...
De fait, L'Eglise de Rome, s'inquiète de cette Légende du Graal, qui fait le ''buzz'' et qui circule et s'étend, par trop empreinte de celtisme, ou d'ésotérisme ( avec le Parzifal). Il s'agit de christianiser l'histoire de chrétien de Troyes, de gommer les ''révélations '' de Wolfram ; en effet plutôt que ses références au tombeau du Christ ( fruit des croisades et des templiers) ; le Graal se recentre uniquement sur le récipient ayant recueilli le sang du Christ, facilement assimilable au calice de la messe.
Robert de Boron, vers 1212-1214, s’attelle à cette sainte tache. Il rédige L'Estoire dou Graal, faisant largement appel à l’Évangile de Nicodème, certes apocryphe, mais très populaire à l'époque et cité par St-Thomas d'Aquin lui-même... Vers 1215-1220, il rédige Merlin.
On fait appel également à Gautier Map (1140-1210), proche d'Henri II Plantagenêt, qui rédige l'Estoire del Saint-Graal, et la Queste... , dont le médiéviste Albert Pauphilet ( en 1921) a montré l'origine cistercienne.
Cette fois, donc, les précieux objets qui constituent le cortège du Graal sont assimilés à ceux dans lesquels le Christ a pris son dernier repas. Le service du Graal est alors associé à l'image de la Cène. Ce rituel eucharistique établit en outre une distinction entre les hommes justes, purs, élus de Dieu qui sont autorisés à approcher la sainte relique, et les hommes ordinaires, simples pécheurs, pour qui ce mystère reste inaccessible.
Désormais, le monde sera dominé par la raison, la foi et les vertus religieuses, les anciennes croyances reléguées au rang de contes pour enfants. Les chevaliers se battront pour défendre la foi (la croisade), et non plus pour vaincre des créatures diaboliques, ces dernières ayant été balayées par la lumière divine du Graal.
D’ailleurs, une fois le Graal retrouvé, une fois que Galaad, à l’image du christ, a donné à cette société chevaleresque la dimension sacrée et spirituelle à laquelle elle aspirait, la société arthurienne, qui a rempli sa mission n’a plus aucune raison d’être. Il n’y a plus de monstres à pourchasser, plus de terres sauvages à conquérir et à christianiser, sa disparition est donc inéluctable. Avec la mort du roi Arthur, l’univers de la Table Ronde se disloque et disparaît, le temps des héros et des aventures extraordinaires est terminé.